Od samego początku w koncepcji działalności Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu mieściło się prowadzenie badań naukowych oraz nauczanie w dziedzinie ekonomii. Stąd, jeden z czterech powołanych w końcu 1945 roku wydziałów Uniwersytetu nazwano Wydziałem Prawno-Ekonomicznym. Wydział podjął kształcenie w zakresie nauk prawnych, natomiast zamysłu kształcenia w dziedzinie nauk ekonomicznych nie udało się zrealizować z powodu braku specjalistów. W tej sytuacji, z początkiem roku akademickiego 1948/49, Wydział Prawno-Ekonomiczny przemianowano na Wydział Prawa, utrzymując w jego strukturze Katedrę Ekonomii Politycznej.
Zamiar powołania wyższych studiów ekonomicznych w toruńskiej Uczelni został zrealizowany w 1968 roku. Zarządzeniem z 13 czerwca 1968 roku Minister Oświaty i Wychowania powołał w Uniwersytecie Mikołaja Kopernika Instytut Ekonomiczny, funkcjonujący na prawach wydziału. Jego organizatorem został doc. dr hab. inż. Jerzy Liczkowski, przeniesiony do UMK z Akademii Ekonomicznej w Poznaniu. On też objął funkcję pierwszego dyrektora Instytutu. Z początkiem roku akademickiego 1968/69 w Instytucie Ekonomicznym UMK pracowało 22 pracowników naukowo-dydaktycznych. W tym też roku akademickim Instytut przyjął pierwszych 66 studentów.
W 1976 roku Instytut Ekonomiczny UMK przekształcono decyzją Ministra Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki w Wydział Nauk Ekonomicznych. W jego ramach utworzono dwa instytuty: Instytut Ogólnoekonomiczny oraz Instytut Zarządzania Gospodarką Narodową. W 1983 roku zmieniono strukturę organizacyjną Wydziału Nauk Ekonomicznych z instytutowej na katedralno-zakładową. W styczniu 1993 roku Senat UMK zmienił nazwę Wydziału na Wydział Nauk Ekonomicznych i Zarządzania, dostosowując ją do zmieniających się kierunków badań naukowych oraz programów kształcenia studentów.
Początkowo kształcenie studentów w systemie studiów stacjonarnych przebiegało w ramach kierunku ekonomika i organizacja produkcji na dwóch specjalnościach: ekonomika i organizacja przemysłu oraz ekonomika i organizacja rolnictwa. W 1976 roku rozpoczęto kształcenie studentów na trzeciej specjalności w ramach tego kierunku (ekonomika i organizacja budownictwa), a trzy lata później uruchomiono czwartą specjalność – gospodarkę żywnościową. W 1977 roku utworzono na Wydziale drugi kierunek studiów (ekonomiczno–społeczny) oraz rozpoczęto kształcenie studentów na specjalności ekonomika pracy i polityka społeczna. Taka struktura kształcenia przetrwała do końca lat osiemdziesiątych.
W związku ze zmianami społeczno-gospodarczymi zachodzącymi w Polsce, już w 1988 roku podjęto działania zmierzające do gruntownej reformy studiów ekonomicznych w UMK. Zreformowany system studiów zaczęto wdrażać od początku roku akademickiego 1990/91. W miejsce dotychczasowych kierunków studiów wprowadzono kierunek zarządzanie i marketing. W 1995 roku powołano do życia drugi kierunek studiów – ekonomię. W 1994 roku Wydział rozpoczął prowadzenie studiów doktoranckich.
Obecnie, Wydział Nauk Ekonomicznych i Zarządzania UMK sytuuje się w ścisłej czołówce polskich uczelni prowadzących kierunki ekonomiczne. Zapewnia wysoki poziom kształcenia studentów oraz badań naukowych. W marcu 2004 roku uzyskał certyfikat jakości kształcenia Uniwersyteckiej Komisji Akredytacyjnej dla kierunków Zarządzanie i Marketing oraz Ekonomia. W grudniu tego samego roku uzyskał akredytację Państwowej Komisji Akredytacyjnej dla kierunku Zarządzanie i Marketing (na poziomie zawodowym i magisterskim), a w styczniu 2006 roku – dla kierunku Ekonomia (na poziomie magisterskim). W tym samym roku Wydział został także zakwalifikowany przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego do grupy jednostek naukowych I (najwyższej) kategorii. Naszym wyróżnikiem jest posiadanie dwóch światowych akredytacji: AACSB i AMBA, co plasuje nas odpowiednio w gronie 3% i 2% najlepszych szkół biznesu świata.
Wydział prowadzi ożywione kontakty z krajowymi szkołami wyższymi i ośrodkami naukowymi. W ramach zawartych umów współpracuje także z wieloma uczelniami zagranicznymi, w tym – przede wszystkim – z Uniwersytetem w Angers (Francja) oraz Uniwersytetem w Maceracie (Włochy), z którymi prowadzi programy wielodyplomowe. W ramach programu Erasmus+ mamy zawartych około 70 umów bilateralnych z uczelniami z całej Unii Europejskiej i krajami partnerskimi. Obecnie rozwijamy naszą współpracę ze szkołami biznesu z Azji (Japonia, Chiny, Indonezja) oraz w Stanach Zjednoczonych.